Shaw's Blog
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R数据可视化手册-上
博主最开始正式学习 R 语言的时候，是出于数据可视化的目的，以 Oreilly 的《R数据可视化手册》 为 handbook，将此书的 90% 内容在 jupyter 中都复现了一遍。jupyter 原始文件可到我的 Github 相应仓库中获取。由于内容较多，分为了上下两部分。
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R数据可视化手册-下
博主最开始正式学习 R 语言的时候，是出于数据可视化的目的，以 Oreilly 的《R数据可视化手册》 为 handbook，将此书的 90% 内容在 jupyter 中都复现了一遍。jupyter 原始文件可到我的 Github 相应仓库中获取。由于内容较多，分为了上下两部分。
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wetlab-CLIP-method wetlab-CLIP-method
CLIP-seq早已是被广泛使用的protein-RNA结合互作位点研究的方法，但我们自己做的非常少，除了实验室老一辈人有的做过，现在的同学都没人做过，所以只好自己上，钻研一下CLIP的实验方法。 参考: Transcriptome-wid
2024-11-06 梁绍波
RNA-protein互作研究方法 RNA-protein互作研究方法
参考1：Methods to study RNA–protein interactions
2024-11-04 wetlab
蛋白质标签抗体的选择 蛋白质标签抗体的选择
纯化标签N端还是C端纯化标签+检测标签linker加还是不加参考1:蛋白表达纯化如何选择标签
2024-10-22 wetlab
蛋白质纯化与鉴定 蛋白质纯化与鉴定
蛋白质纯化蛋白质鉴定Affinity-Purification Mass Spectrometry (AP-MS)亲和纯化质谱是研究蛋白质分子间相互作用的重要手段。 参考1: Genome-scale exon perturbation s
2024-10-20 wetlab
物种进化与多序列比对 物种进化与多序列比对
在研究一个基因时，常常会需要了解这个基因的（核苷酸或氨基酸）序列在物种间的保守性。下面提供一种查询基因同源情况、序列比对及可视化的方法。以基因 SF3B1 为例： 基因在物种间的保守性如果是well-known的基因，保守性大概了解，可以自
2024-10-14 bioinformatics
CoIP protocol CoIP protocol
Co-IP Procedure (from XGD)(1) Preparing magnetic beads (for 6-well plate) Aliquot 7 µl of Protein A beads (mouse an
2024-10-09 wetlab
wetlab-spCas9KO wetlab-spCas9KO
2024-08-03 wetlab
Cas9 KO
PaperRead-CLIP-moethod PaperRead-CLIP-moethod
Table 1 CLIP and non-CLIP methodologies for profiling protein–RNA interactions Identify RNAs bound to proteinUltraviol
2024-07-11 梁绍波
CLIP
UCSC browser session UCSC browser session
UCSC genome browser session 能方便的将测序数据结果的track文件展现出来，有一些文章也要求有全基因组测序数据的投稿，要附带session链接，如 Nucleic Acids Research (NAR) 本篇b
2024-07-02 梁绍波
UCSC
git/github basic usage guide git/github basic usage guide
一些 git 常用命令，用作备忘录、使用手册，方便快速查阅
2024-06-26 git
git
git 的进阶用法 git 的进阶用法
.gitignore让 git 忽略或不追踪特定的文件.gitignore 是一个纯文本文件，将不想被追踪的文件或文件夹名写入其中 在根目录中创建 .gitignore 文件写入的内容格式，可以是个文件名， test 也可以是文件夹，
2024-06-26 git
git
同源基因分析（根据氨基酸序列） 同源基因分析（根据氨基酸序列）
目的：分析同源基因的进化情况做法： 获取同源基因编码的氨基酸序列 序列比对 构建进化树 绘制进化树 下面逐步进行拆解： 1. 获取氨基酸序列可以利用某个物种已知的蛋白质序列，在NCBI blastp进行searc
2024-06-18 梁绍波
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