Shaw

CLIP-seq早已是被广泛使用的protein-RNA结合互作位点研究的方法，但我们自己做的非常少，除了实验室老一辈人有的做过，现在的同学都没人做过，所以只好自己上，钻研一下CLIP的实验方法。有些抑制剂和磷酸酶，如果没有，可尝试不加。

2024-11-06 梁绍波

参考1：Methods to study RNA–protein interactions

2024-11-04 wetlab

纯化标签N端还是C端纯化标签+检测标签linker加还是不加参考1:蛋白表达纯化如何选择标签

2024-10-22 wetlab

Affinity-Purification Mass Spectrometry (AP-MS)亲和纯化质谱是研究蛋白质分子间相互作用的重要手段。参考1: Genome-scale exon perturbation screens unc

2024-10-20 wetlab

在研究一个基因时，常常会需要了解这个基因的（核苷酸或氨基酸）序列在物种间的保守性。下面提供一种查询基因同源情况、序列比对及可视化的方法。以基因 SF3B1 为例：基因在物种间的保守性如果是well-known的基因，保守性大概了解，可以自

2024-10-14 bioinformatics

Co-IP Procedure (from XGD)(1) Preparing magnetic beads (for 6-well plate) Aliquot 7 µl of Protein A beads (mouse an

2024-10-09 wetlab

2024-08-03 wetlab

Cas9 KO

Table 1 CLIP and non-CLIP methodologies for profiling protein–RNA interactions Identify RNAs bound to proteinUltraviol

2024-07-11 梁绍波

CLIP

UCSC genome browser session 能方便的将测序数据结果的track文件展现出来，有一些文章也要求有全基因组测序数据的投稿，要附带session链接，如 Nucleic Acids Research (NAR) 本篇b

2024-07-02 梁绍波

UCSC

一些 git 常用命令，用作备忘录、使用手册，方便快速查阅

2024-06-26 git

git

.gitignore让 git 忽略或不追踪特定的文件.gitignore 是一个纯文本文件，将不想被追踪的文件或文件夹名写入其中在根目录中创建 .gitignore 文件写入的内容格式，可以是个文件名， test 也可以是文件夹，

2024-06-26 git

git

目的：分析同源基因的进化情况做法：获取同源基因编码的氨基酸序列序列比对构建进化树绘制进化树下面逐步进行拆解： 1. 获取氨基酸序列可以利用某个物种已知的蛋白质序列，在NCBI blastp进行searc

2024-06-18 梁绍波