Shaw's Blog
linux命令——expr linux命令——expr
手工命令计数器
2022-09-29 linux
cmd expr
linux命令——grep linux命令——grep
grep用于查找文件里符合条件的字符串。 常用选项–after-context=<显示行数>-A <显示行数> ， 除了显示符合范本样式的那一列之外，并显示之后的指定行 –before-context=<显示行
2022-09-29 linux
cmd grep
文献写作素材积累 文献写作素材积累
积累文献中各种常用词汇，词组和句型句式
2022-09-29 paper
vacabulary
linux命令——parallel linux命令——parallel
用好 parallel 简单实现多进程，从此起飞
2022-09-25 linux
cmd parallel
peak calling 与 merge peak calling 与 merge
TF、histone 等 ChIP-seq, RBP 的 CLIP 中的 peak calling 是分析过程中重要的一环 peak callingmacs2SICER(2)使用SICER进行peak calling现如今已有 versio
2022-09-15 梁绍波
peak
R 常用的命令（非数据操作类） R 常用的命令（非数据操作类）
options 全局设置# 关闭所有的图形窗口，常用于R包安装，选择镜像源时 options(main.graphics=FALSE) # increasing the download timeout options(timeout =
2022-09-14 R
normalize 和差异分析 normalize 和差异分析
差异表达差异，剪接变化差异，和富集差异等等，如何从生物信息学的角度理解差异？ 剪接差异 应该最为容易理解：通过计算PSI(percent spliced in)值，进而得到样本间变化的 ΔPSI(PSI1-PSI2)。 表达差异（这里表达简
2022-09-13 梁绍波
scRNA-seq scRNA-seq
—————- 2023.03.06 ———————-俺来填坑了！！！ scRNA-seq analysis 大体分两个模块： 测序数据前期处理转为矩阵数据挖掘 前期处理，包括 barcode 的拆解，比对。利用比对结果，进行定量，去除 d
2022-09-09 bioinformatics
scRNA-seq
rstudio-server 更换 R 内核 rstudio-server 更换 R 内核
服务器上 Rstudio-server 的更新换代
2022-09-08 梁绍波
R rstudio-server
motif discovery and enrichment motif discovery and enrichment
基本了解motifs指在一些序列当中，高频出现的序列特征。motif 的发现与富集是生信分析的常用手段，其原理和常用的工具，以及不同工具的特点，如何选择合适的工具，都值得深入的了解。先在这里填个坑，希望能把这个大坑填完。 motifs 常以
2022-06-24 bioinformatics
motif
R数据科学，第三部分：编程 R数据科学，第三部分：编程
编程部分
2022-03-27 R for data science
R data science handbook
文献阅读 Day16 文献阅读 Day16
通过氨基酸序列预测重要的外显子原文：Predicting exon criticality from protein sequence 杂志：NAR 对于exon的可变剪接事件（AS），通常是通过 RNA-seq 测序进行寻找检测。这篇文章
2022-03-06 paper
exon prediction software
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