Shaw

options 全局设置# 关闭所有的图形窗口，常用于R包安装，选择镜像源时 options(main.graphics=FALSE) # increasing the download timeout options(timeout =

2022-09-14 R

差异表达差异，剪接变化差异，和富集差异等等，如何从生物信息学的角度理解差异？剪接差异应该最为容易理解：通过计算PSI(percent spliced in)值，进而得到样本间变化的 ΔPSI(PSI1-PSI2)。表达差异（这里表达简

2022-09-13 梁绍波

—————- 2023.03.06 ———————-俺来填坑了！！！ scRNA-seq analysis 大体分两个模块：测序数据前期处理转为矩阵数据挖掘前期处理，包括 barcode 的拆解，比对。利用比对结果，进行定量，去除 d

2022-09-09 bioinformatics

scRNA-seq

服务器上 Rstudio-server 的更新换代

2022-09-08 梁绍波

R rstudio-server

基本了解motifs指在一些序列当中，高频出现的序列特征。motif 的发现与富集是生信分析的常用手段，其原理和常用的工具，以及不同工具的特点，如何选择合适的工具，都值得深入的了解。先在这里填个坑，希望能把这个大坑填完。 motifs 常以

2022-06-24 bioinformatics

motif

编程部分

2022-03-27 R for data science

R data science handbook

通过氨基酸序列预测重要的外显子原文：Predicting exon criticality from protein sequence 杂志：NAR 对于exon的可变剪接事件（AS），通常是通过 RNA-seq 测序进行寻找检测。这篇文章

2022-03-06 paper

exon prediction software

同义突变通过影响剪接来调控下游事件，从而在癌症中发挥作用Silent mutations reveal therapeuticvulnerability in RAS Q61 cancers 同义突变尽管不影响氨基酸的编码，但在 RNA 水

2022-03-05 paper

tumor mutation

一个用于鉴定依赖激酶调节磷酸化的蛋白质互作人源激酶的酵母阵列A human kinase yeast array for the identification of kinases modulating phosphorylation-

2022-03-02 梁绍波

RBP TDP-43 抑制了神经退行性疾病 FTD-ALS 中基因 UNC13A 的 cryptic exon(CE) 的保留TDP-43 represses cryptic exon inclusion in the FTD–ALS ge

2022-02-26 paper

RBP

Intron 的不同命运Differential fates of introns in gene expression due to globalalternative splicing 这篇 review 主要介绍了 intron

2022-02-25 paper

intron

CLIP-seq 中鉴定出的 circRNA-binding eventsHCRNet:high-throughputcircRNA-bindingeventidentificationfromCLIP-seqdatausingdeepte

2022-02-23 paper

CLIP RBP circRNA