Shaw's Blog
R 数据可视化：heatmap R 数据可视化：heatmap
R 数据可视化——聚类热图
2023-06-05 梁绍波
R
python 基础知识和使用技巧 python 基础知识和使用技巧
数据类型 列表包含 0 个或多个元组的有序序列，属于 序列类型所以可以进行指定位置的插入删除，排序和反向等操作 列表的索引两种索引方式：正向递增和反向递减 列表的切片列表的操作方法 操作方法 描述 ls.append()
2023-05-23 python
base
服务器硬盘存储拓展 服务器硬盘存储拓展
需求：最近服务器的存储要满了，准备拓展存储，找公司安，看了报价太坑，所以看服务器型号自己网上买盘，自己装。在此之前，要了解一些基本的知识。 了解 RAID做 RAID 的目的，就是平衡 数据的安全性 和 读写速度，影响了存储硬件的使用率,方
2023-05-08 梁绍波
server hardware
HIERARCHICAL CLUSTERING IN R (层级聚类及其在R中实现) HIERARCHICAL CLUSTERING IN R (层级聚类及其在R中实现)
HIERARCHICAL CLUSTERING IN R: THE ESSENTIALS (层级聚类)link1-lessonlink2-heatmap-extend Agglomerative Hierarchical Clusterin
2023-04-28 梁绍波
hierarchical clustering R
蛋白质结构预测与可视化 蛋白质结构预测与可视化
蛋白质结构预测以一篇 nature 文章中做的 MPRIP 基因结构为例，走完一遍蛋白质结构预测与可视化比较文章链接：RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splici
2023-04-21 bioinformatics
structure alphafold
TCGA 和 GTEx 数据库使用分析 TCGA 和 GTEx 数据库使用分析
TCGA GTEx 数据下载UCSC xena TCGA expression database这里有一篇关于 TCGA 数据库的详细介绍和数据下载指南 link TCGA 样品名解读TCGA code table (样品名
2023-04-12 bioinformatics
测序方法汇总 测序方法汇总
除了 ChIP-seq, CLIP-seq, RNA-seq, ChIP-MS (mass spectrometry), MS 外，还有很多其他的测序技术，值得去了解。不说精通，也要大概知道用什么方法能得到什么信息，使用这些方法使数据更丰富
2023-04-06 梁绍波
Bioinfo-RoutineToolsCollections Bioinfo-RoutineToolsCollections
序列数据处理的三驾马车工具:平时用的也比较多，不过局限于几个常见命令，其实有很多其他好用但被忽略的工具，值得 overview 一遍。 samtoolsbedtoolsdeeptoolsFASTA/Q 操作工具 seqkit
2023-03-29 bioinformatics
samtools bedtools deeptools collection
SNV 数据搜集与关联分析 SNV 数据搜集与关联分析
疾病中的 SNV 暗示着相应的基因事件的重要性，对于提高生物学意义有着很重要的效果
2023-03-28 bioinformatics
SNV TCGA database
ggpubr 可视化 package ggpubr 可视化 package
主要是看 RTCGA 这个 package。利用这个 package 可以方便的获取很多 tumor related information, 不同的 assay 需要各自安装独立子包，如 mRNA。数据来源于 gdac release R
2023-03-16 梁绍波
R ggplot2 ggpubr
单细胞测序 实验篇 单细胞测序 实验篇
实验原理基础单细胞分选方法单细胞建库拓展方法CITE-seqreference:2017. Nat Met.Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells
2023-03-12 梁绍波
基因/蛋白质名称的写法 基因/蛋白质名称的写法
作图和些文章的时候，总会遇到这样的问题：基因/蛋白大写还是小写，该不该斜体？是时候系统学习一下了 参考资料基因和蛋白质名称写法混乱，你真的有考虑它们的感受吗？ 如何正确使用基因/蛋白质的名称格式 (大写与斜体的使用)
2023-03-07 bio
base
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