Shaw's Blog
jbrowser2 常用命令记录 jbrowser2 常用命令记录
Note: 本文档仅满足基本需求，完整文档请查看官方文档：https://jbrowse.org/jb2/docs/ 添加参考基因组ref=your_genome assembly_mark= ## 基因组的标志名称 assembly_na
2023-03-06 bioinformatics
jbrowser2
linux NFS 和 NIS 配置 linux NFS 和 NIS 配置
操作前，请确认 关闭所有设备防火墙 在各个主机及宿主机下，有一个通用账户，在主机重启之时仍然存在。root 不能够直接登录时，用该账户登录进行下述操作 control : systemctl start ypservsystemctl s
2023-03-05 linux
NFS NIS
ggplot2 绘图中常用的拓展功能 ggplot2 绘图中常用的拓展功能
添加显著性标志参考： ggplot 添加P值和显著性水平 使用 ggsignif 分面添加显著性标识参考： ggsignif: Significance Brackets for ‘ggplot2’ 注意，当分面时，ggplot(aes()
2023-03-01 R数据可视化手册
R ggplot2
RNA-seq 深度探究 RNA-seq 深度探究
reference : Cell, 2023, Glucose dissociates DDX21 dimers to regulate mRNA splicing and tissue differentiation
2023-02-24 bioinformatics
RNA-seq
seq 中的 rRNA 序列处理 seq 中的 rRNA 序列处理
IntroductionrRNA 在RNA-seq，CLIP 等测序当中都会存在一部分，如何处理这些 rRNA reads 来消除影响，是重要的一步。整体思路是在处理测序数据的一开始就首先对 rRNA 进行比对，unmapping read
2023-02-24 bioinformatics
rRNA sequencing
statistics-1 statistics-1
下面有一段摘自于一篇 cell paper 的 Statistical analysis of biological data： All results are presented as the mean with SD unless
2023-02-24 statistics
quicker 指尖工具箱 quicker 指尖工具箱
Quicker这个软件不知道什么开始就已经在我的电脑里面了。我是从来没用过，never，直到最近，偶然间意识到了这个软件的强大之处，针对个人电脑和不同的软件，自定义鼠标键盘组合动作，实现快捷操作，大幅提升生产力（夸张了夸张了/捂脸），让你变
2023-02-23 quicker
tools
基因富集分析 基因富集分析
基因富集分析，非常常用，但我们真的弄清楚了嘛？ 除了最常用的 GO enrichment (BP/CC/MF) / KEGG，对于基因的 enrichment，还有 GSEA 和 Reactome pathway analysis。 另
2023-02-12 bioinformatics
GO enrichment
R 数据科学：数据加工与重塑 R 数据科学：数据加工与重塑
tidyversedplyr 用 0 替换 NA ## all NA df <- df %>% replace(is. na (.), 0) ## 针对某一列 df <- df %>% mutate(rebs
2023-02-10 梁绍波
R tidyverse data
AI 绘图操作技巧 AI 绘图操作技巧
初衷是记录一下自己使用时遇到的 wired 情况，很多时候是因为无意间触动了一些选项的快捷键，所以将此记录下来。希望能拓展到 AI 绘图技巧 快捷操作显示/隐藏 定界框描述：当选中文字或图形时，最外围会出现一个蓝色矩形框，可进行拖拽、缩放、
2023-02-07 adobe
ai shortcut
Transwell Transwell
Transwell 实验比较细胞迁移能力Transwell 实验原理reference listTranswell侵袭实验步骤及注意事项细胞侵袭必备技能——Transwell
2022-12-30 wetlab
transwell
CCK-8 CCK-8
私人化 CCK8 实验 overviewCCK8 (Cell Counting Kit-8) 实验原理最基本原理就是 试剂中的WST-8 氧化还原产物橙黄色甲臜染料量与活细胞数量成正比，在指定波长 450nm 下测定吸光度，产物浓度代表细胞
2022-11-20 wetlab
CCK-8 cell count
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