Shaw's Blog
TCGA 和 GTEx 数据库使用分析 TCGA 和 GTEx 数据库使用分析
TCGA GTEx 数据下载UCSC xena TCGA expression database这里有一篇关于 TCGA 数据库的详细介绍和数据下载指南 link TCGA 样品名解读TCGA code table (样品名
2023-04-12 bioinformatics
测序方法汇总 测序方法汇总
除了 ChIP-seq, CLIP-seq, RNA-seq, ChIP-MS (mass spectrometry), MS 外，还有很多其他的测序技术，值得去了解。不说精通，也要大概知道用什么方法能得到什么信息，使用这些方法使数据更丰富
2023-04-06 梁绍波
Bioinfo-RoutineToolsCollections Bioinfo-RoutineToolsCollections
序列数据处理的三驾马车工具:平时用的也比较多，不过局限于几个常见命令，其实有很多其他好用但被忽略的工具，值得 overview 一遍。 samtoolsbedtoolsdeeptoolsFASTA/Q 操作工具 seqkit
2023-03-29 bioinformatics
samtools bedtools deeptools collection
SNV 数据搜集与关联分析 SNV 数据搜集与关联分析
疾病中的 SNV 暗示着相应的基因事件的重要性，对于提高生物学意义有着很重要的效果
2023-03-28 bioinformatics
SNV TCGA database
ggpubr 可视化 package ggpubr 可视化 package
主要是看 RTCGA 这个 package。利用这个 package 可以方便的获取很多 tumor related information, 不同的 assay 需要各自安装独立子包，如 mRNA。数据来源于 gdac release R
2023-03-16 梁绍波
R ggplot2 ggpubr
单细胞测序 实验篇 单细胞测序 实验篇
实验原理基础单细胞分选方法单细胞建库拓展方法CITE-seqreference:2017. Nat Met.Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells
2023-03-12 梁绍波
基因/蛋白质名称的写法 基因/蛋白质名称的写法
作图和些文章的时候，总会遇到这样的问题：基因/蛋白大写还是小写，该不该斜体？是时候系统学习一下了 参考资料基因和蛋白质名称写法混乱，你真的有考虑它们的感受吗？ 如何正确使用基因/蛋白质的名称格式 (大写与斜体的使用)
2023-03-07 bio
base
jbrowser2 常用命令记录 jbrowser2 常用命令记录
Note: 本文档仅满足基本需求，完整文档请查看官方文档：https://jbrowse.org/jb2/docs/ 添加参考基因组ref=your_genome assembly_mark= ## 基因组的标志名称 assembly_na
2023-03-06 bioinformatics
jbrowser2
linux NFS 和 NIS 配置 linux NFS 和 NIS 配置
操作前，请确认 关闭所有设备防火墙 在各个主机及宿主机下，有一个通用账户，在主机重启之时仍然存在。root 不能够直接登录时，用该账户登录进行下述操作 control : systemctl start ypservsystemctl s
2023-03-05 linux
NFS NIS
ggplot2 绘图中常用的拓展功能 ggplot2 绘图中常用的拓展功能
添加显著性标志参考： ggplot 添加P值和显著性水平 使用 ggsignif 分面添加显著性标识参考： ggsignif: Significance Brackets for ‘ggplot2’ 注意，当分面时，ggplot(aes()
2023-03-01 R数据可视化手册
R ggplot2
RNA-seq 深度探究 RNA-seq 深度探究
reference : Cell, 2023, Glucose dissociates DDX21 dimers to regulate mRNA splicing and tissue differentiation
2023-02-24 bioinformatics
RNA-seq
seq 中的 rRNA 序列处理 seq 中的 rRNA 序列处理
IntroductionrRNA 在RNA-seq，CLIP 等测序当中都会存在一部分，如何处理这些 rRNA reads 来消除影响，是重要的一步。整体思路是在处理测序数据的一开始就首先对 rRNA 进行比对，unmapping read
2023-02-24 bioinformatics
rRNA sequencing
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