Shaw's Blog
物种进化与多序列比对 物种进化与多序列比对
在研究一个基因时，常常会需要了解这个基因的（核苷酸或氨基酸）序列在物种间的保守性。下面提供一种查询基因同源情况、序列比对及可视化的方法。以基因 SF3B1 为例： 基因在物种间的保守性如果是well-known的基因，保守性大概了解，可以自
2024-10-14 bioinformatics
CoIP protocol CoIP protocol
Co-IP Procedure (from XGD)(1) Preparing magnetic beads (for 6-well plate) Aliquot 7 µl of Protein A beads (mouse an
2024-10-09 wetlab
wetlab-spCas9KO wetlab-spCas9KO
2024-08-03 wetlab
Cas9 KO
PaperRead-CLIP-moethod PaperRead-CLIP-moethod
Table 1 CLIP and non-CLIP methodologies for profiling protein–RNA interactions Identify RNAs bound to proteinUltraviol
2024-07-11 梁绍波
CLIP
UCSC browser session UCSC browser session
UCSC genome browser session 能方便的将测序数据结果的track文件展现出来，有一些文章也要求有全基因组测序数据的投稿，要附带session链接，如 Nucleic Acids Research (NAR) 本篇b
2024-07-02 梁绍波
UCSC
git/github basic usage guide git/github basic usage guide
一些 git 常用命令，用作备忘录、使用手册，方便快速查阅
2024-06-26 git
git
git 的进阶用法 git 的进阶用法
.gitignore让 git 忽略或不追踪特定的文件.gitignore 是一个纯文本文件，将不想被追踪的文件或文件夹名写入其中 在根目录中创建 .gitignore 文件写入的内容格式，可以是个文件名， test 也可以是文件夹，
2024-06-26 git
git
同源基因分析（根据氨基酸序列） 同源基因分析（根据氨基酸序列）
目的：分析同源基因的进化情况做法： 获取同源基因编码的氨基酸序列 序列比对 构建进化树 绘制进化树 下面逐步进行拆解： 1. 获取氨基酸序列可以利用某个物种已知的蛋白质序列，在NCBI blastp进行searc
2024-06-18 梁绍波
scRNA-seq 学习笔记 scRNA-seq 学习笔记
t-SNE参考:t-SNE: non-linear Dimensionality Reduction
2024-04-06 梁绍波
软件安装遇到的事儿 软件安装遇到的事儿
conda 安装速度慢更换国内源 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add
2024-03-13 梁绍波
利用 API 实现请求 利用 API 实现请求
API 代表应用程序编程接口。 API 简介可参考各种资料。在这里，记录一下利用 curl 对 web tools 发送请求，实现简单利用 web tools。 curlcurl options Linux中使用curl命令发送带参数
2024-03-01 梁绍波
shell 脚本编写的技巧 shell 脚本编写的技巧
shell 脚本编写的一些技巧
2023-12-04 linux
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