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物种进化与多序列比对 物种进化与多序列比对
在研究一个基因时，常常会需要了解这个基因的（核苷酸或氨基酸）序列在物种间的保守性。下面提供一种查询基因同源情况、序列比对及可视化的方法。以基因 SF3B1 为例： 基因在物种间的保守性如果是well-known的基因，保守性大概了解，可以自
2024-10-14 bioinformatics
蛋白质结构预测与可视化 蛋白质结构预测与可视化
蛋白质结构预测以一篇 nature 文章中做的 MPRIP 基因结构为例，走完一遍蛋白质结构预测与可视化比较文章链接：RBFOX2 modulates a metastatic signature of alternative splici
2023-04-21 bioinformatics
structure alphafold
TCGA 和 GTEx 数据库使用分析 TCGA 和 GTEx 数据库使用分析
TCGA GTEx 数据下载UCSC xena TCGA expression database这里有一篇关于 TCGA 数据库的详细介绍和数据下载指南 link TCGA 样品名解读TCGA code table (样品名
2023-04-12 bioinformatics
Bioinfo-RoutineToolsCollections Bioinfo-RoutineToolsCollections
序列数据处理的三驾马车工具:平时用的也比较多，不过局限于几个常见命令，其实有很多其他好用但被忽略的工具，值得 overview 一遍。 samtoolsbedtoolsdeeptoolsFASTA/Q 操作工具 seqkit
2023-03-29 bioinformatics
samtools bedtools deeptools collection
SNV 数据搜集与关联分析 SNV 数据搜集与关联分析
疾病中的 SNV 暗示着相应的基因事件的重要性，对于提高生物学意义有着很重要的效果
2023-03-28 bioinformatics
SNV TCGA database
jbrowser2 常用命令记录 jbrowser2 常用命令记录
Note: 本文档仅满足基本需求，完整文档请查看官方文档：https://jbrowse.org/jb2/docs/ 添加参考基因组ref=your_genome assembly_mark= ## 基因组的标志名称 assembly_na
2023-03-06 bioinformatics
jbrowser2
RNA-seq 深度探究 RNA-seq 深度探究
reference : Cell, 2023, Glucose dissociates DDX21 dimers to regulate mRNA splicing and tissue differentiation
2023-02-24 bioinformatics
RNA-seq
seq 中的 rRNA 序列处理 seq 中的 rRNA 序列处理
IntroductionrRNA 在RNA-seq，CLIP 等测序当中都会存在一部分，如何处理这些 rRNA reads 来消除影响，是重要的一步。整体思路是在处理测序数据的一开始就首先对 rRNA 进行比对，unmapping read
2023-02-24 bioinformatics
rRNA sequencing
基因富集分析 基因富集分析
基因富集分析，非常常用，但我们真的弄清楚了嘛？ 除了最常用的 GO enrichment (BP/CC/MF) / KEGG，对于基因的 enrichment，还有 GSEA 和 Reactome pathway analysis。 另
2023-02-12 bioinformatics
GO enrichment
scRNA-seq scRNA-seq
—————- 2023.03.06 ———————-俺来填坑了！！！ scRNA-seq analysis 大体分两个模块： 测序数据前期处理转为矩阵数据挖掘 前期处理，包括 barcode 的拆解，比对。利用比对结果，进行定量，去除 d
2022-09-09 bioinformatics
scRNA-seq
motif discovery and enrichment motif discovery and enrichment
基本了解motifs指在一些序列当中，高频出现的序列特征。motif 的发现与富集是生信分析的常用手段，其原理和常用的工具，以及不同工具的特点，如何选择合适的工具，都值得深入的了解。先在这里填个坑，希望能把这个大坑填完。 motifs 常以
2022-06-24 bioinformatics
motif