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多个图形组合展示 多个图形组合展示
cowplot多个panel的排列 多个 panel 的排列控制cowplot library(cowplot) plot_grid(p1, p2) ggdraw() + draw_plot(p1, xstart, ystar
2022-10-07 梁绍波
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基因结构图的绘制 基因结构图的绘制
绘制基因结构图的需求比较普遍,也常常会和其他数据如 track plot 合并在一起,所以在这里特别开一篇,简单介绍一些工具。 ggbio从名字上就能看出,这是具有 ggplot2 属性的工具包,熟悉 ggplot2 的同学,用这个包可以说
2022-10-06
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linux命令——grep linux命令——grep
grep用于查找文件里符合条件的字符串。 常用选项–after-context=<显示行数>-A <显示行数> , 除了显示符合范本样式的那一列之外,并显示之后的指定行 –before-context=<显示行
2022-09-29
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peak calling 与 merge peak calling 与 merge
TF、histone 等 ChIP-seq, RBP 的 CLIP 中的 peak calling 是分析过程中重要的一环 peak callingmacs2SICER(2)使用SICER进行peak calling现如今已有 versio
2022-09-15 梁绍波
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R 常用的命令(非数据操作类) R 常用的命令(非数据操作类)
options 全局设置# 关闭所有的图形窗口,常用于R包安装,选择镜像源时 options(main.graphics=FALSE) # increasing the download timeout options(timeout =
2022-09-14
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normalize 和差异分析 normalize 和差异分析
差异表达差异,剪接变化差异,和富集差异等等,如何从生物信息学的角度理解差异? 剪接差异 应该最为容易理解:通过计算PSI(percent spliced in)值,进而得到样本间变化的 ΔPSI(PSI1-PSI2)。 表达差异(这里表达简
2022-09-13 梁绍波
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scRNA-seq scRNA-seq
—————- 2023.03.06 ———————-俺来填坑了!!! scRNA-seq analysis 大体分两个模块: 测序数据前期处理转为矩阵数据挖掘 前期处理,包括 barcode 的拆解,比对。利用比对结果,进行定量,去除 d
2022-09-09
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