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peak calling 与 merge peak calling 与 merge
TF、histone 等 ChIP-seq, RBP 的 CLIP 中的 peak calling 是分析过程中重要的一环 peak callingmacs2SICER(2)使用SICER进行peak calling现如今已有 versio
2022-09-15 梁绍波
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R 常用的命令(非数据操作类) R 常用的命令(非数据操作类)
options 全局设置# 关闭所有的图形窗口,常用于R包安装,选择镜像源时 options(main.graphics=FALSE) # increasing the download timeout options(timeout =
2022-09-14
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normalize 和差异分析 normalize 和差异分析
差异表达差异,剪接变化差异,和富集差异等等,如何从生物信息学的角度理解差异? 剪接差异 应该最为容易理解:通过计算PSI(percent spliced in)值,进而得到样本间变化的 ΔPSI(PSI1-PSI2)。 表达差异(这里表达简
2022-09-13 梁绍波
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scRNA-seq scRNA-seq
—————- 2023.03.06 ———————-俺来填坑了!!! scRNA-seq analysis 大体分两个模块: 测序数据前期处理转为矩阵数据挖掘 前期处理,包括 barcode 的拆解,比对。利用比对结果,进行定量,去除 d
2022-09-09
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motif discovery and enrichment motif discovery and enrichment
基本了解motifs指在一些序列当中,高频出现的序列特征。motif 的发现与富集是生信分析的常用手段,其原理和常用的工具,以及不同工具的特点,如何选择合适的工具,都值得深入的了解。先在这里填个坑,希望能把这个大坑填完。 motifs 常以
2022-06-24
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文献阅读 Day16 文献阅读 Day16
通过氨基酸序列预测重要的外显子原文:Predicting exon criticality from protein sequence 杂志:NAR 对于exon的可变剪接事件(AS),通常是通过 RNA-seq 测序进行寻找检测。这篇文章
2022-03-06
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文献阅读 Day15 文献阅读 Day15
同义突变通过影响剪接来调控下游事件,从而在癌症中发挥作用Silent mutations reveal therapeuticvulnerability in RAS Q61 cancers 同义突变尽管不影响氨基酸的编码,但在 RNA 水
2022-03-05
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PaperRead-Day14 PaperRead-Day14
一个用于 鉴定依赖激酶调节磷酸化的蛋白质互作 人源激酶的酵母阵列A human kinase yeast array for the identification of kinases modulating phosphorylation-
2022-03-02 梁绍波
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文献阅读 Day13 文献阅读 Day13
RBP TDP-43 抑制了神经退行性疾病 FTD-ALS 中基因 UNC13A 的 cryptic exon(CE) 的保留TDP-43 represses cryptic exon inclusion in the FTD–ALS ge
2022-02-26
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