剪接事件检测工具之SUPPA

使用rmats检测AS事件，用了越来越多后发现，当剪接事件很少时，会报告很多“难以验证”的AS事件（sashimiplot里面有对应的junction，但是看IGV很难看出区别）。

为了提高AS检测的准确性，现转向其他软件。

今天介绍一下SUPPA的原理和方法。

SUPPA计算差异剪接，主要分四步：

1. 利用基因组注释建立可变剪接事件（ioe）或者转录本事件（ioi）
2. 为每个样本的ioe或ioi定量PSI值
3. 比较样本间的差异，计算dPSI
4. 根据PSI值，对事件归类

SUPPA建立索引

python3.4 suppa.py generateEvents [options]

• -i gtf
• -o outprefix
• -f/–format ioe/ioi
• -e/–event-type (only used for local AS events)
  • SE: Skipping exon (SE) events
  • SS: Alternative 5’ (A5) and 3’ (A3) splice sites (it generates both)
  • MX: Mutually Exclusive (MX) exons
  • RI: Retained intron (RI)
  • FL: Alternative first (AF) and last (AL) exons (it generates both)
• –pool-genes (Important). This option is important when creating ioe/ioi from annotations that are not loci-based, e.g.: RefSeq and UCSC genes. Unlike Ensembl or Gencode, which annotate gene loci, i.e. a set of transcripts will be uniquely be related to a gene at a locus, other annotations, like UCSC and Refseq dowloaded from UCSC, do not have this unequivocal link of transcripts to a genomic locus.
• 其他参数见SUPPA原页面

输出结果：运行完毕后，对于ioe，针对每个事件类型，会生成一个gtf格式文件和一个ioe文件，ioe文件用于后续计算。

salmon