氨基酸序列无序性预测


除了用alphaFold去预测蛋白质结构,也可以disopred预测氨基酸的无序性,用来看一些特殊的结构。

disopred中有两个版本的 run_disopred.pl,一个是在文件夹的第一层,另外一个是在**BLAST+/**子文件夹中,名为run_disopred_plus.pl,二者的主要区别在于BLAST工具版本的不同:

  1. run_disopred.pl使用的是旧版的BLAST tool kit,用到的命令有 blastpgp, makemat,并且使用的protein database,如uniref90,需要用formatdb格式化。
  2. run_disopred.pl使用的是新版的BLAST tool kit,新版本中 psiblast取代了blastpgp,makeblastdb取代了formatdb。

文章作者: 梁绍波
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