在研究一个基因时，常常会需要了解这个基因的（核苷酸或氨基酸）序列在物种间的保守性。下面提供一种查询基因同源情况、序列比对及可视化的方法。以基因 SF3B1 为例：
基因在物种间的保守性
如果是well-known的基因，保守性大概了解，可以自行判断是使用核苷酸序列（非常保守时使用）还是氨基酸序列（不怎么保守时使用）。
如果未知，可以通过以下途径知晓：
- blast/blastp，可以直接用human里面该基因的序列进行blast/blastp比对，查看比对到有哪些物种。
- OrthoDB. 在OrthoDB用基因名查询。
获取物种进化关系
如果你想显示有哪些物种，可以使用TimeTree绘制指定物种间的进化树。
多条序列比较
确定要比较的物种，获取这些物种SF3B1的序列，用 snapGene 进行多序列比对。
多比对的结果 export为fasta格式。
！！！如果比对结果中，个别地方有碱基的错位，可手动编辑fasta文件，进行修改。
比对结果可视化
下面提供一个在线的简单可视化工具：碱基顺序比对工具
将比对结果fasta文件输入后，submit，出现的结果，可点击鼠标右键，直接打印输出为PDF文件。或者复制存储为其他类型文件。
序列进化树
序列进化也是一个常规的需求，也不乏成熟的方法。
参考1：A novel protein domain in an ancestral splicing factor drove the evolution of neural microexons
method: Search for Srrm4 orthologues and generation of multi-species alignment
