UCSC genome browser session 能方便的将测序数据结果的track文件展现出来，有一些文章也要求有全基因组测序数据的投稿，要附带session链接，如 Nucleic Acids Research (NAR)
本篇blog就介绍一下如何在UCSC genome browser中制作session
数据存储
将数据存储到一些网站上，能够获取到public link，将public link交付给UCSC genome browser
我用的是CyVerse
将本地的文件上传到该数据库后，就可以获取public link
UCSC: Where to host your data?
UCSC genome browser
创建一个账号
这里就不详细介绍了
创建 session
首先 My Data->My Sessions 进入session界面，然后你会看到Save Settings，主要修改就是name。然后记得submit。
submit一定要记得，后续很多操作都要submit。及时提交是个好习惯。另外，如果你发现有些步骤你没有保存，可以通过回退网页的方式，回到你之前的操作，再进行保存，这样也是可以的。
!!! 后续所有的操作，都是针对目前的session进行的。不同session间的，track、collection都不互通。离开session前，记得保存你的操作。
上传track
通过 my Data->Custom Tracks进入到track上传界面
在新界面中点击add custom tracks，进入到上传界面
在这里，就涉及到了，上传track的信息。从图上可以看到，track文件的格式，已经有了限定。
另外，也可以对其他属性进行设置，官网也对track line做了注释: Defining track lines for annotations
格式为，A track line begins with the word **track**, followed by one or more attribute=value pairs.(每条track记录，以track开头，后跟属性的键值对)
browser position chr21:33,031,597-33,041,570
track type=bigBed name="bigBed Example One" description="A bigBed file" bigDataUrl=http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/bigBedExample.bb主要的属性有：
- name
- description
- type
- visibility. hide, dense, full, pack, squish
- color=<RRR,GGG,BBB>
- bigDataUrl. for BAM, CRAM, bigBed, bigWig or VCF tracks.
当你熟悉了这些后，再上传数据前，你可以先整理数据，将属性设置好，并将这些设置写入一个文本。
上传时，直接上传一个文本就可以了。
建立track collection
当你的track很多时，就会有分组的想法，并且，有时候还需要将多个track纵坐标设成一致的，类似IGV里面的group autoscale，以方便比较变化差异。
track collection可以很好地解决这个问题。
如上图，左侧显示可获得的track（上一步上传的），右侧是collection界面，点解 Add Collection，新增collection，并设置属性
选择一个collection，然后在左侧的文件中，选择要添加的track，加入到该collection
建立好所有的collection，以及分配好文件，就可以GO到主界面检查效果
配置track
你可以注意到，主界面的下方，就有你新建的collection的列表，点击collection，进入到collection的设置界面
可以设置track高度，透明度等等。如果需要的话，把Data view scaling选定为group auto-scale。
!最后记得submit
点击主界面上的configure，或者View->Configure Browser进入到整体的设置界面
最上方是主要是对图像宽度，标签字体大小的设置，下面就是对你上传的track、建立的collection以及UCSC genome browser自己的数据资源，进行设置。具体设置，大家可自行摸索。
！记得submit
保存session
当你完成好设置，回到主页面，看着自己做出来的漂亮track图，不要忘记保存session。
方法和创建session一致，用相同的名字进行取代，或者另存为一个session。
UCSC小工具
除了上面说的外，在菜单栏View下面也有一些使用的小工具
你可以用 PDF 保存图像，用 DNA 获取当前区域的基因组序列。
