R 包安装


本文的起源,是源于我想使用 leafcutter 进行选择性剪接的分析,在安装过程中遇到了一系列问题。(问题是一个接一个啊!/泪奔)

根据leafcutter 安装指南,首先安装 rstan,按照他的方法,我并没有遇到错误,顺利。

在安装 devtools 时,中间包的安装遇到了很多问题:

gert 无法安装:
先是在简书得到了答案,但是没解决,后来看 github 上 issue 评论得到了解决,与简书上的策略一直,就是差了一步:Can’t install gert #144

DirichletMultinomial 无法安装:
github 上给出的 解决办法 是在 root 下安装 gsl-devel,为了减少对系统环境的更改,还是采用上面的思想,在 conda 中寻找替代产品。

ragg 无法安装:
jeroen 在 github 上提出的解决方法是,在使用 conda的情况下,可以用 conda 安装对应的 r 版本库,这个方法适用于诸多 R 包安装时遇到的依赖问题。
conda install -c conda-forge r-ragg
安装解决后,正好 tidyverse 安装遇到的这个问题也一并解决了。

在 devtools 安装完成后,安装 leafcutter 后,最后遇到了 TBB 找不到 tbb/task_scheduler_init.h 的问题,原来是以为 tbb 和 tbb-devel 没有安装,但在 conda 安装后(甚至用 root 进行了安装)仍然爆出了同样的错误,进一步寻找,有人说是 tbb 升级后,那个 header 被遗弃了(真坑啊),要使用老一点的版本,但目前我还没有解决。
Unable to install leafcutter R 4.2.1 #239

直接用 conda 安装,还是会报错的,感觉错误不解决,什么方法都是不行滴。

其中学习到了:遇到依赖的问题,不想 root 安装的,去 conda 上找找 “赝品”,在该环境顶替一下。


文章作者: 梁绍波
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