Note: 本文档仅满足基本需求，完整文档请查看官方文档：https://jbrowse.org/jb2/docs/
添加参考基因组
ref=your_genome
assembly_mark= ## 基因组的标志名称
assembly_name= ## 基因组的显示名称
jbrowse add-assembly $ref -a ${assembly_mark} -l symlink -n ${assembly_name} 添加基因组注释（sort and bgzip）
# GFF文件 排序，压缩
gff=your_gff
gff3sort.pl --precise --chr_order natural $gff | bgzip > ${gff%%.*}.sorted.gff.gz
tabix ${gff%%.*}.sorted.gff.gz
gff_name= # gff文件显示名称
group_name= # 分组名称
jbrowse add-track ${gff%%.*}.sorted.gff.gz -n ${gff_name} -a ${assembly_mark} -l symlink --category ${group_name}添加文件
track= # track 文件位置
track_name=
track_group_name=
jbrowse add-track $track -n $track_name -l symlink -a ${assembly_mark} --force --category ${track_group_name}jbrowser2 支持的文件类型如下：详情见官方指南:
General
- CRAM
- BAM
- htsget (requires hand-edited config)
- VCF (Tabix-indexed)
- GFF3 (Tabix-indexed)
- BED (Tabix-indexed)
- BigBed
- BigWig
- BEDPE
- JBrowse 1 nested containment lists (NCList)
- .hic (Hi-C contact matrix visualization)
notice: bed 文件请严格执行 bed4 (4th score, recommand 1000) 或 bed6 (5th score, recommand 1000)， bed12 格式。转换 BigBed 前，需提前排序，sort -k1,1 -k2,2n 或使用 bedSort。
不设置得分的话，或将得分设为 “.”，会导致不可见。
Sequence adapters
- Indexed FASTA
- BGZip indexed FASTA
- 2bit
SV inspector and Synteny and dotplot
开启根据基因名搜索功能 create a text-index for your genes . By default it will index all tracks with Gff3TabixAdapter and VcfTabixAdapter
indexing progress
jbrowse text-index –out ./
index only a specific assembly
jbrowse text-index –out ./ -a GRCh38
If you already have a text-index , you have to use –force to overwrite the old one
启动管理员服务 Start up a small admin server for JBrowse configuration
jbrowse admin-server [-p port]
!warning:
- 存在多个基因组时，使用 -a(assembly) 进行标记区分，基因组注释和其他文件添加到对应的基因组.
- –category 参数设置 track 的分组.
- 所有文件的 index 等操作，在源文件夹下进行即可，通过软连接（-l symlink）的方式加到 jbrowse 文件夹下.
