绘制基因结构图的需求比较普遍，也常常会和其他数据如 track plot 合并在一起，所以在这里特别开一篇，简单介绍一些工具。
ggbio
从名字上就能看出，这是具有 ggplot2 属性的工具包，熟悉 ggplot2 的同学，用这个包可以说是得心应手。 bioconda:ggbio
TxDb object
首先要创建 TxDb，常用的物种，都有现成的，可以直接安装，如 hg38，dm6
BiocManager::install("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene")其他基因组的 TxDb
如果想要为自己的基因组创建 TxDb 也是可以的
library(GenomicFeatures)
makeTxDbFromGFF() 具体如何创建，自行查阅资料
add a gene model track
autoplot()other tracks
alignment track
因为，对于 TxDb 的使用和数据结构不熟悉，所以，ggbio 我本人用的并不多。以后还要勤加练习。
Sushi
这个包整体而言，相对简单一些，无论是输入的数据要求，还是绘图，我也有过使用经历，入门还是很简单的。bioconda:ggbio
batch visualization of gene structures
data type
- bed
- bedpe
- bedgraph
- interaction matrix
plotGenes
other tracks
- plotBed
- plotBedpe
- plotGenes
Gviz
发表文章用的相对较多的包，待学习使用。
