options 全局设置

# 关闭所有的图形窗口，常用于R包安装，选择镜像源时
options(main.graphics=FALSE)

# increasing the download timeout
options(timeout = 600).

以下命令可以实现在命令行中选择 mirror，可以将该命令添加到 ~/.Rprofile

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

参考如何在R中选择CRAN镜像reference

安装指定版本的 R

miniconda2 与 miniconda3 的切换

可以去找对应conda 下的 activate.d 文件 conda activate ；
也可以直接修改 ~/.bashrc 文件对 inti conda 的部分，直接对版本路径进行修改，然后 source 一下就可以。

R 安装

conda list
#发现没有4.0版本的，此时可以添加镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show
conda search R
conda install r=4.3.1

参考创建R环境，安装指定版本的R

查看安装的包

# 所有包
installed.packages()

# 指定包
sessioninfo(libraryname)

R 包路径

# 查看R包路径
.libPaths()
# 临时设置
.libPaths(dir)
# 永久设置，请编辑 ~/.Rprofile

安装 R 包

# 标准安装方法
install.packages()

# 安装 Bioconductor packages
BiocManager::install(libraryname)

# 安装指定版本R包
require(devtools)
install_version("car", version = "2.1-6",repos = "http://cran.us.r-project.org")

# 用源文件安装
packageurl = 'https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/survminer/survminer_0.4.2.tar.gz'
install.packages(packageurl, repos = NULL, type = 'source')