通过氨基酸序列预测重要的外显子
原文:Predicting exon criticality from protein sequence
杂志:NAR
对于exon的可变剪接事件(AS),通常是通过 RNA-seq 测序进行寻找检测。这篇文章开发的 Exon ByPASS 通过蛋白质的氨基酸序列,反向鉴定重要的exon,这样就不再依赖其 flanking intron 和特定组织或条件的比较。
有用的工具:
- ExonSkipDB:https://ccsm.uth.edu/ExonSkipDB/
- sankeyMATIC:http://sankeymatic.com/
- Gviz 绘制 trackplot