R for data science

发布日期: 2022-01-13

更新日期: 2022-01-17

Part5 沟通

分析者通过转换、可视化与建模来理解数据，最终的目的是同甲方/老板汇报结果，否则无论数据分析做的多么精彩，都没什么用。
因此，沟通工作成果至关重要。

本部分分为四块：

R markdown
使用 ggplot2 进行图形化沟通
R markdown 输出类型. 其中包括仪表盘、网站和书籍
R markdown 工作流. 介绍如何制作“分析式笔记本”，以及如何系统地记录工作中的成功和失败

R markdown

R markdown 官方网址

R markdown 提供了统一的写作框架，可以集成代码、输出结果和文本注释。
R markdown 完全可重用，支持多种输出形式，包括PDF、Word、PPT等。
R markdown 集成了一些 R 包和外部工具。基本上不能使用?来获取帮助。不过，在 Rstudio 中有参考资料可用:

R markdown 速查表：Help → Cheatsheets → R Markdown Cheat Sheet
R markdown 用户指南： Help → Cheatsheets → R Markdown Reference Guide

R markdown 文件三个主要组成部分：

markdown 文本。此处不再做介绍，多加练习就好。
代码段
YAML文件头

代码段

可运行代码，插入方法：

组合键： Ctrl+ALT+I
工具栏 Insert按钮
手工输入标记符 ```{r} code ```

Ctrl+Enter 或 Ctrl+Shift+Enter 组合键来运行代码段内的全部代码。
接下来介绍代码的头部，由 ```{r 开头可选的代码段名称，由逗号分隔的代码段选项，其他}。```为结尾

代码段名称

```{r by-name}```. 命名一段代码有几个好处：

使用脚本编辑器左下角的弹出式代码浏览菜单，更方便浏览特定的代码段
可以使代码段生成的图形具备有意义的名称，从而更容易在其他地方使用
可以建立缓存代码段的网格，以避免每次运行都重新调用昂贵的计算资源

setup 这个代码段名称具有特殊意义。当处于笔记本模式时，名称为 setup 的代码段会在其他代码运行前运行一次。所以可以在 setup 代码段中设置全局选项

代码段选项

可以使用选项来定制代码段输出，选项是提供给代码段头部的参数。knitr提供了很多选项，可以用来定制自己的代码段。完整的选项列表: knitr options
接下来介绍几个最重要的代码段选项列表：

eval = FALSE 禁止对代码进行求值。（也就是不能运行）通常用于显示示例代码或不通过每行注释禁用大段代码。
include = FALSE 可以运行，但不会再最终结果中显示代码和结果。如果不想让 setup 代码出现在报告中，就可以用这个选项。
echo = FALSE 禁止代码出现在最终结果中，但不会禁止结果。
message = FALSE 或 warning = FALSE 可以防止消息或警告出现在最终报告中。
results = ‘hide’ 可以隐藏文本输出；fig.show = ‘hide’ 可以隐藏图形输出。
error = TRUE 在代码出现错误时仍然可以生成最终报告。在报告的最终版中，我们很少需要包括出错信息，但在调试 .Rmd 文件中，出错信息是非常有用的。如果使用 R 进行教学活动，并特意想要包括出错信息的话，这个选项是非常有用的。否则，默认情况下，即使只有一个错误，文档也会生成失败❌。

因为我之前都是用 jupyter 中的 R kernel 写，然后输出成 markdown，再转化为 HTML。因为没有这些控制元件，所以类似 warning、error 都会显示出来，我现在脑子里面已经有画面了.
输出控制总结表格

表格

默认情况下，R markdown输出数据框和矩阵的格式与我们在控制台中看到的相同：

mtcars

这里省略输出

如果更喜欢用表格来显示数据，可以使用 knitr::kable 函数。

knitr::kable(
    mtcars[1:5,],
    caption = 'A kniter kable.'
)

表格输出省略

使用 ?knitr::kable阅读相关文档，学习定制表格的其他方式。
同样，很多选项可以控制在最终报告中嵌入图形的方式。

缓存

一般来说，R markdown 在每次生成文档时都是完全从头开始。这对于文档的可重复性非常重要。
但如果有些计算需要花费大量时间，那么每次重新生成文档将非常痛苦。所以使用 cache = TRUE 来解决这个问题。
当使用这个选项时，R markdown 会将代码输出保存在磁盘上的一个具有特殊名称的文件中。在此后的运行中， knitr 会检查代码是否进行了修改，如果没有修改，则继续使用缓存结果。

❗ 必须谨慎使用这种缓存机制，因为 knitr 在默认情况下只检查代码，不检查代码的依赖关系。

简单地说，如果一段代码 processed_data设置了cache = TRUE，并用到了另一段代码 raw_data 中的数据，如果processed_data代码段没变，无论 raw_data 中是否发生了变化，processed_data 都不会重新运行。
为了解决依赖关系的问题，可以设置 dependson。dependson=c('depend_code1','depend_code2') (我猜是这样写，还没实践)应该包含每个代码段的一个字符向量，其中包含缓存代码段依赖的所有代码段。

还有一点就是，cache=TRUE 不会跟踪导入的外部文件的变化，想要跟踪外部文件的变化，可以使用 cache.extra 选项。这是一个非常霸道的 R 表达式，只要其内容发生变化，缓存就会失效。可以同时使用 file.info() 函数，它可以返回大量关于文件的信息，其中包括最后修改的时间：

```{r raw_data, cache.extra = file.info('a_very_large_file.csv')}
rawdata <- readr::read_csv('a_very_large_file.csv')
```                  '

因为缓存策略会逐渐变得复杂，所以应该定期使用 knitr::clean_cache() 命令清除所有缓存。

全局选项

当越来越多使用 knitr 时，有些默认设置并不符合需要，想要修改。可以在代码段中调用 knitr::opts_chunk$set() 函数来修改选项。
例如，在编写书籍和教程时，会有如下设置：

knitr::opts_chunk$set(
    comment = '#>',
    collapse = TRUE
)

这样可以使用我们更喜欢的注释格式，并确保代码和输出能够紧密地组织在一起。另一方面，如果想要准备一份报告，则应该设置如下：

knitr::opts_chunk$set(
    echo = FALSE
)

内联代码

简单理解：使用 r [rcode,如nrow(diamonds)] 将 R 代码直接嵌入到 R markdown 文本当中，最终会显示代码运行的结果。如果想在文本中加入数据属性，那么这种方法是非常奏效的。

当向文本中插入数值时， format() 函数非常有用，可以用这个函数来设置 digits 的数值，避免打印出不必要的小数位，还可以设置 big.mark，从而使数值更加易读。可以使用一个辅助函数来完成这两种设置：

comma <- function(x) format(x, digits=2, big.mark = ',')
comma(345234)
#> [1] "345,234"
comma(.1235812)
#> [2] "0.12"

排错

因为 R markdown 中不再拥有交互的 R 语言环境，所以排错工作是困难的。为此要学习一些新技巧：

在交互会话中重现问题
重新启动 R
执行Run all chunks，在 Run Region 菜单项下执行 Run All，也可以使用快捷键 Ctrl+Alt+R。

如果这样行不通，那一定是交互式环境和 R markdown 环境之间有差别。最常见的就是工作路径的不同

YAML文件头

YAML(yet another markup language，仍是一种标记语言), 用于表示被人类读写的层次化数据。
两种 YAML 文件头：文档参数和参考文献。

这一部分因为目前还没有需求，所以把官方文档的链接甩在这里了。
文档参数

参考文献与引用

最后，还是提醒大家勤于动手，多写文档，多查资料，与君共勉！

使用 ggplot2 进行图形化沟通

本章将用到 dplyr 包的一些功能来进行数据处理，并选择 ggplot2 的几个拓展包，其中包括 ggrepel 和 viridis。我们不用加载这些包，而是选择使用::表示法显式地引用其中地函数，这样可以更清楚地分辨出哪些函数是 ggplot2 地内置函数，哪些函数来自于其他拓展包。

suppressMessages(library(tidyverse))
library(ggplot2)

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
 geom_point(aes(color = class)) + 
 geom_smooth(se = FALSE) + 
 labs(
     title = paste("Fuel efficiency generally decreases with", "engine size"),
     subtitle = paste("Two weaters (sports cars) are an exception","because of their light weight"),
     caption = "Data from fueleconomy.gov"
 )

`geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

还可以在标题中使用数学表达式代替字符串文本，用 quote() 函数代替 “”, 再使用 ?plotmath 命令查看可用选项：

注释

为单个观测或分组观测添加标签

`geom_text()` 函数

基本用法与 geom_point() 相同，但具有一个额外的属性：label。这使得我们可以向图形中添加文本标签。

best_in_class <- mpg %>% 
    group_by(class) %>%
    filter(row_number(desc(hwy)) == 1)

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
 geom_point(aes(color = class)) + 
 geom_text(aes(label = model), data = best_in_class)

`geom_label()` 函数

geom_label() 函数，可以为文本加上方框。还可以用 nudge_y 参数让标签定位于相应数据点的正上方：

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
 geom_point(aes(color = class)) + 
 geom_label(aes(label = model), data = best_in_class, nudge_y = 2, alpha = 0.5)

ggrepel 包

上图比第一幅图效果好了一些，但仍有个问题：左上角的两个标签几乎完全重叠。
ggrepel 包非常有用，可以自动调整标签的位置，使它们免于重叠：

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
 geom_point(aes(color = class)) + 
 geom_point(size = 3, shape = 1, data = best_in_class) +  # 添加了一个图层，用较大的空心圆来强调添加了标签的数据点
 ggrepel::geom_label_repel(
     aes(label = model),
     data = best_in_class
 )

str_wrap() 函数实现自动换行

在文本中，除了添加 ‘\n’ 来控制换行外，另一种方法是使用 stringr::str_wrap() 函数来自动换行，此时需要给出每行的字符数：

"Increasing engine size related to decreasing fuel economy." %>%
 stringr::str_wrap(width = 40) %>%
 writeLines()

Increasing engine size related to
decreasing fuel economy.

`hjust` 和 `vjust` 控制标签对齐方式

hjust: horizontal justification. 水平调整. 可以设置成 [0,1] 的值，或者 ‘left’, ‘right’, ‘center’
vjust: vertical justification. 垂直调整. 可以设置成 [0,1] 的值，或者 ‘top’, ‘bottom’, ‘center’

其他添加注释的函数

geom_hline() 和 geom_vline() 函数添加参考线。经常使用加粗(size=2)和白色(color=’white’) 的直线作为参考线，绘制在基本数据层的最下面。这样的参考线既清晰可见，又不至于喧宾夺主
geom_rect() 绘制一个举行，矩形的边界由图形属性 xmin、xmax、ymin 和 ymax 确定
geom_segment() 函数及 arrow 参数绘制箭头，指向需要关注的数据点。使用图形属性 x 和 y 来定义开始位置，使用 xend 和 yend 来定义结束位置

标度

图例布局

如果要控制图例的整体位置，需要使用 theme() 函数进行设置。后面会有详细内容。简而言之，主题的作用就是控制图形中与数据无关的部分。主题设置中 legend.psition 可以控制图例的位置。
theme(legend.position = 'left'). left, right, top, bottom. none 来取消整个图例的显示。

想要控制单个图例的显示，可以配合 guide_legend() 或 guide_colorbar() 函数来使用 guides() 函数。

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
 geom_point(aes(color = class)) + 
 geom_smooth(se = FALSE) + 
 theme(legend.position = 'bottom') + 
 guides(
     color = guide_legend(nrow = 1, override.aes = list(size = 4))
 )

`geom_smooth()` using method = 'loess' and formula 'y ~ x'

标度替换（颜色）

如果数据值和颜色间的映射，可以使用 scale_color_manual() 函数。

对于连续的颜色标度，可以使用内置函数 scale_color_gradient() 或 scale_fill_gradient() 来表示。如果想要表示发散性的颜色标度，可以使用 scale_color_gradient2()，它可以使用正数和负数来表示不同的颜色。

另一个可以选用的函数是由 viridis 包提供的 scale_color_viridis()，它是对 ColorBrewer 分类标度的一种连续模拟。

💡 所有的颜色标度都可以分为两类: scale_color_x() 对应于 color 图形属性， scale_fill_x() 对应于 fill 图形属性。

缩放

控制图形范围的方法有三种：

调整绘图所用数据
设置标度范围
在 coord_cartesian() 中设置 xlim 和 ylim 参数值

如果想要放大图形的一片区域，最好使用 coord_cartesian() 函数。

主题

theme() 定制图形中的非数据元素

ggplot2 默认可以使用 8 种主题

theme_bw()
theme_light()
theme_classic()
theme_linedraw()
theme_dark()
theme_minimal()
theme_gray()
theme_void()

ggthemes 拓展包中，有更多主题

图形大小

在 R markdown 中，关于图形的最大问题是如何确定其大小和形状。

控制图形大小的选项主要有 5 个：

fig.width. 默认是6（6英寸）
fig.height
fig.asp（宽高比）. 默认是0.618（黄金分割比）
out.width
out.height

之所以说图形大小是个难题，是因为图形大小有两种（R 生成的图形的大小，以及插入到输出文档中的图形的大小）

如果想在一行中放置多个图形，可以将 out.width 设置为 50% 以放置 2 个图形

R markdown 输出类型

简介

设置 R markdown 文档的输出类型的方式有两种。

修改 YAML 文件头可以进行永久性设置。
```
output: html_document
```
手动调用 rmarkdown::render() 函数可以进行临时性设置。
```
rmarkdown::render(
  'diamond-sizes.Rmd',
  output_format = 'word_document'
)
```
buttonbutton
Rstudio 中的 knitr 按钮的下拉菜单，也可以生成其他相应格式的输出。

输出选项

每种输出类型对应一个 R 函数。可以通过 ?rmarkdown::html_document() 来查看有哪些可以设置的参数。

如果不想使用默认参数值，可以使用拓展的 output 域。如，想要生成一个带有浮动表格内容的 html_document 文档，可以设置如下：

output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true

甚至还可以提供一个格式列表，以生成多种输出：

output:
  html_document
  pdf_document: default

文档

除了 html_document 函数的输出，另外还有：

pdf_document 可以使用 LaTex（一种开源的文档排版系统）生成PDF文档。需另外安装 LaTex
word_document (.docx)
odt_document 生成 OpenDocument(.odt)
rtf_document Rich Text Format(.rtf)
md_document
github_document
workflowr::wflow_html. 这个格式出现在 workflowr （workflowr 日常使用简易指南）中, 有两个特性：
- 继承了 html_document 格式
- 有 workflowr 的可重复性特质
  通常用在 workflowr 项目中，不过也可以单独使用。config 可参见 html_document

记住，当为决策者生成文档时，应该在 setup 代码段中修改全局设置，关闭默认的显示代码选项：

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)

对于 html_document 文档，另一个选项是代码段默认隐藏，但点击鼠标后可见：

output:
  html_document:
    coding_folding: hide

笔记本

html_notbook() 函数生成

演示文稿

制作演示文稿的方法是将内容分为多个幻灯片，用一个标题(#) 或二级标题(##) 或水平分割线(***) 新建新的幻灯片。

仪表盘

仪表盘是沟通大量数据的一种快速而又直观的有效方法。flexdashboard 包可以轻松地使用 R markdown 文件来创建仪表盘，它确定了使用标题控制仪表盘布局地约定。

每个一级标题(#)都可以在仪表盘中创建一个新页
每个二级标题(##)都可以创建一个新列
每个三级标题(###)都可以创建一个新行

---
title: "Diamonds distribution dashboard"
output: flexdashboard::flex_dashboard
---

flexdashboard 还提供了一些简单工具，用于创建工具栏、标签页、输入框和标尺。
更多信息请访问：https://pkgs.rstudio.com/flexdashboard/

交互元素

HTML 格式（文档、笔记本、演示文稿或仪表盘）的所有文件都可以包含可交互组件。

htmlwidgets

htmlwidgets 是一组能够生成 HTML 可视化元素的一组 R 函数。
例如它可以利用如下代码，在网页上生成动态 leaflet 地图：

library(leaflet)
leaflet() %>%
  setView(174.764,-36.877, zoom = 16) %>%
  addTiles() %>% 
  addMarkers(174.764,-36.877, popup = 'Maungawhau')

htmlwidgets 的优势是，无需了解任何关于 HTML 和 JavaScript 的知识就可以使用它们。因为所有细节都封装在包中。
更多信息请访问：https://www.htmlwidgets.org/

Shiny

htmlwidgets 所有功能都要依靠 HTML 和 Javascript 实现。Shiny 包则可以使用 R 代码创建交互元素，而不依靠 JavaScript。
想在 R markdown 文档中调用 Shiny 代码，需要在文件头中添加 runtime::shiny:

---
title: "Shiny web App"
output: html_document
runtime: shiny
---

Shiny 的交互发生在服务器端，所以需要一个服务器来运行这个应用。
更多信息请访问：https://shiny.rstudio.com/

网站

将 .Rmd 文件放进一个单独的目录。index.Rmd 可以作为网站的主页。
添加一个名为 _site.yaml 的 YAML 文件来提供站点导航。

这里就可以联系到 workflowr 了，workflowr 提供了网站的基本模型，只需自己加入分析文档 .Rmd 文件即可。
关于 workflowr 本站也有一篇入门级指南 workflowr 日常使用简易指南

R markdown 工作流

R markdown的重要性在于，它可以将文本和代码紧密集成在一起。这使得它既可以开发代码，又可以记录想法，是一种非常棒的分析式笔记本。
自然科学研究中一般都会有个实验记录本，分析式笔记本的一些用途与实验记录本基本相同：

记录你做了什么，以及为什么这样做
帮助你进行更加缜密的思考
帮助人们理解你的工作

有效使用试验记录本的一些成熟经验完全可以推广到分析笔记本上。

确保每个笔记本都有一个描述性的标题和一个有助于记忆的文件名
用 YAML 文件头中的日期域来记录时间：
```
data: 2022-01-01
```
使用 ISO 8601 标准的 YYYY-MM-DD 格式避免歧义
对一个分析思路花费大量时间后，如果发现还是走入了死胡同，此时不要丢弃它。进行简短的笔记，记录为什么会失败，并保存在记录本中。如果未来的某个时刻回过头来再进行这项分析时，你就可以避免重蹈覆辙
如果在某个数据文件中发现了一个错误，千万不要直接修改，而应通过编写代码来修改错误值，并解释为什么要进行这个修改
在结束一天的工作前，请确认自己的笔记本可以正确生成（如果使用了缓存，一定要清除）。这样可以趁热打铁地修改笔记本中可能存在的错误
如果想让代码长期可重用，你需要跟踪代码中使用的 R 包的版本更新信息。
- 一种非常好用的方法是使用 packrat 包，它可以将 R 包保存到你的项目目录中
- 另一种是使用 checkpoint 包, 它可以在一个特定的日期重新安装所有可用的 R 包
- 一种不是很优雅的做法是在笔记本中加入运行sessioninfo()函数的一个代码段，虽然这样不能很方便地更新 R 包，但至少可以让你知道这些 R 包现在地版本

更多的经验实际上需要自己在工作之中不断积累…

梁绍波

https://liangshaw.github.io/2022/01/13/RdataScience-part5/

本博客所有文章除特別声明外，均采用 CC BY 4.0 许可协议。转载请注明来源梁绍波 !

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简要的端口转发使用指南

2022-01-20 梁绍波

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workflowr 日常使用简易指南

学习使用 R包 workflowr 来做研究记录，期望实现项目管理、重复性、协作和结果分享。

2022-01-12 R

R workflowr

R数据科学，第五部分：沟通

R markdown

代码段

代码段名称

代码段选项

表格

缓存

全局选项

内联代码

排错

YAML文件头

使用 ggplot2 进行图形化沟通

标签

注释

geom_text() 函数

geom_label() 函数

ggrepel 包

str_wrap() 函数实现自动换行

hjust 和 vjust 控制标签对齐方式

其他添加注释的函数

标度

图例布局

标度替换（颜色）

缩放

主题

图形大小

R markdown 输出类型

简介

输出选项

文档

笔记本

演示文稿

仪表盘

交互元素

htmlwidgets

Shiny

网站

R markdown 工作流

`geom_text()` 函数

`geom_label()` 函数

`hjust` 和 `vjust` 控制标签对齐方式